Емил Чакъров за пръв път хваща диригентската палка на единадесетгодишна възраст. Когато е на петнайсет, той започва да изучава дирижиране в Софийската консерватория и осем години по-късно е най-младият лауреат на конкурса по дирижиране Херберт фон Караян в Берлин. Впоследствие става негов асистент в оперните продукции в Залцбург и Берлин.

Емил Чакъров дирижира Берлинската филхармония, Бостънския симфоничен оркестър, Израелската филхармония, Френския национален оркестър, Лондонския симфоничен оркестър, Оркестъра на Лос Анджелис, Оркестър Tonhalle, Цюрих, и Чешкия филхармоничен оркестър. Дирижира редовно в продължение на много години Ленинградската филхармония в самия Ленинград, осъществявайки с тях многобройни записи и турнета в Германия, Австрия и Италия.

През 1986 г. основава Новогодишния фестивал в София, който се провежда ежегодно с участието на артисти с международна слава. Тук той дирижира Софийския Фестивален Оркестър, основан също по негова идея.

На 1 септември 1989 г., Емил Чакъров е обявен за постоянен гост-диригент на Ленинградския симфоничен оркестър.
Чакъров е добре познат като оперен диригент, появява се на пулта на Ковънт гардън, Лондон ("Евгений Онегин"), Метрополитан, Ню Йорк ("Севилският бръснар"), Maggio musicale fiorentino ("Танхойзер"), Миланската Ла скала, Сан Карло, Неапол ("Кармен"), Ла Фениче, Венеция ("Бохеми") и Хюстън, САЩ ("Борис Годунов", "Аида").

Последните му концерти са в НДК за новата 1990 г.