Роден е в семейството на каменоделеца Атанас Лазаров Заркин и домакинята Гена Заркина. След идването на комунистическата власт баща му както и други съселяни и граждани от Самоков са убити без съд и присъда в местността "Черната скала" над Боровец.

Георги Заркин завършва задочно кинематография, след което работи като зоотехник в Самоков и дописник на вестник Самоковска комуна. През 1963 г. започва работа като фоторепортер във вестник Земеделско знаме.

През 1964 г. се запознава с Иван Тодоров-Горуня и е привлечен към организирането на преврат, целящ свалянето на Тодор Живков от власт. След разкриването на заговора и смъртта на Горуня през 1965 г., Георги Заркин разпространява позиви призоваващи за въоръжена борба, като ги подписва от името на несъществуващата Врачанска революционна организация. За тази си дейност е арестуван и осъден 6 години затвор от Софийски окръжен съд. Първоначално излежава присъдата си в Софийския затвор, по-късно е преместен в Старозагорския, където получава още две вътрешни присъди за писане на контрареволюционна литература.

На 15 юли 1968 г. Заркин изпраща от затвора писмо-протест до министър-председателя Тодор Живков. В него той пише открито за диктаторския характер на режима, за политическото съдопроизводство и липсата на независимо правосъдие. Заркин обявява и 28-дневна гладна стачка в знак на протест срещу нахлуването на армиите на Варшавския договор в Чехословакия.

Докато е в затвора, срещу него се води следствие за "разпространяване на клеветнически твърдения, засягащи държавния и обществен строй". Получава вътрешна, допълнителна присъда от 5 години. През 1974 г. получава и втора вътрешна присъда в размер на 8 години, този път по обвинение, че е създал в затвора "контрареволюционна група" и е разпространявал поезия с "вражеско съдържание".

През 1975 г. е преместен в Пазарджишкия затвор. Две години по-късно е убит, поради опасението на властта, че участниците в международния писателски конгрес, който е щял да се състои същата година в София, биха поискали да се срещнат със Заркин.

През 2014 г. е удостоен посмъртно с ордена "За гражданска заслуга" - първа степен от президента Росен Плевнелиев.