Милен Любенов завършва икономически техникум в родния си град и политология в Софийския университет. От 2006 г. е преподавател в катедра "Политология" на Софийския университет "Св. Климент Охридски". Доцент по политология. Защитава докторска дисертация на тема "Българската партийна система: групиране и структуриране на партийните предпочитания (1990-2005)". Специализира европейски партии и партийни системи в Холандия (Vrije University Amsterdam).

В периода 13 март 2012 - 21 януари 2017 г. е секретар по вътрешна политика на президента на Република България. Председател е на Комисията по наименуване на обекти с национално значение и населени места към държавния глава в мандата на президента Росен Плевнелиев.

От 2018 г. е член на Управителния съвет на Българската асоциация за политически науки.