Кирил Ананиев е завършил Висшия икономически институт в София по специалността "Финанси и кредит". Специализира в областта на финансирането и социално-културните разходи в УНСС и в областта на реформите в здравеопазването в Чикаго, САЩ.

Кирил Ананиев започва работа в Министерството на финансите през 1980 г. Преминава през всички експертни длъжности, за да достигне до началник на Главно управление "Държавни разходи" и заместник-министър на финансите четири правителства в периода 1998-2017 г.

През 2009-2011 г. е секретар по финансова политика в Администрацията на Президента на Република България, а през 2013-2014 г. е съветник към политическия кабинет на министър-председателя.

Назначен е за служебен министър на финансите на 27.01.2017 г. с указ на президента Румен Радев.

От април 2017 г. отново е заместник-министър на финансите.

Избран е за министър на здравеопазването на 10.11.2017 г. от 44-ото Народно събрание.