Теодора Духовникова завършва Класическа гимназия в София. След това през 2000 г. завършва специалност актьорско майсторство за драматичен театър в класа на професор Снежина Танковска.

Теодора Духовникова участва в телевизионни филми за БНТ през 80-те години.

Най-известните ѝ роли в театъра са г-ца Д`Олбак в "Развратникът" от Ерик-Еманюел Шмит, Мерилин в "Ръкомахане в Спокан" от Мартин Макдона, Оливия в "Идеалният мъж" от Оскар Уайлд, Мария в "Процесът срещу богомилите" от Стефан Цанев и Регина в "Лисичета" от Лилиан Хелман. Играе на сцената на Театър 199 в постановката "Гарванът" от Калина Попянева, реж. Бина Харалампиева.

Духовникова участва в множество български филми.