От 29 май 2013 г. е министър на икономиката, енергетиката и туризма на България., Стойнев е смятан за много близък до бившият лидер на БСП Сергей Станишев, който на практика го посочва. Той го назначава за заместник-председател дни преди своето оттегляне, а после държи емоционална реч, в която говори за качествата на Стойнев.

През 2014 е един от двамата основни претенденти за поста председател на БСП . На първи тур получава 126 гласа, а Михаил Миков 167 от над 846 делегати. На втори тур гласуват 726 делегати, като 333 дават гласа си за Стойнев, а 377 - за Миков.

Владее френски, руски и английски език. Женен, с две деца.