Стоянка Мутафова завършва Първа софийска девическа гимназия през 1941 г. След това завършва класическа филология в Софийския университет "Климент Охридски", Държавна театрална школа към Народен театър "Иван Вазов" в София (1946 - 1947) и театралния отдел на Академията за изкуства в Прага, Чехословакия (1947 - 1949).

От 1946 г. до 1949 г. работи в театър в Прага, а от 1949 до 1956 г. в Народния театър. Тя е сред основателите на Държавния сатиричен театър "Алеко Константинов", където работи от 1956 до 1991 г., след това в Драматичен театър "Адриана Будевска" в Бургас - от 1991 г.

Играе в над 90 театрални постановки. Популярна с ролите си във филмови и телевизионни продукции като "Големанов", "Вражалец", "Милионерът", "Новогодишна шега", "Топло", "Любимец 13", "Кит" и др. Известни нейни сценични партньори са Георги Калоянчев, Георги Парцалев, Апостол Карамитев, Невена Коканова.

Стената на славата пред Театър 199 - пано с отпечатъци, послание и шарж на Стоянка Мутафова.
На 94-годишна възраст през 2016 г., осъществява мащабно турне в театрални зали в САЩ, Канада, Германия, Нидерландия, Швейцария и Великобритания.

На Стената на славата пред Театър 199 има пано с нейните отпечатъци. Кандидат за Световен рекорд на Гинес в категорията "Най-възрастна активно играеща на сцената актриса".

От 1 ноември 2017 г. пътува в цялата страна заедно с дъщеря си Мария Грубешлиева, с която провежда творчески-срещи разговор и представяне на книгата "Добър вечер, столетие мое". Гостува с книгата си в Пловдив, Стара Загора, Кюстендил, Русе, Пазарджик, Хасково, Димитровград, Шумен, Велико Търново, Горна Оряховица, Перник, Велинград, Силистра, Тутракан, Балчик, Поморие, Трявна, Левски, Царево, Бургас, Асеновград, София, и др. По време на националното турне е получана близо 20 почетни знака, някои от които в градовете Левски, Трявна, Поморие, Бургас, Пловдив, Асеновград и др.

На 2 февруари 2019 г. Стоянка Мутафова отбелязва своите 70 години на сцена и 97-ми рожден ден в зала 1 на НДК.