Стойко Сакалиев започва своята кариера в ДЮШ на Нефтохимик (Бургас), като последователно преминава през всички гарнитури на школата. Подписва първи професионален отговор с отбора на Нефтохимик (Бургас), където има 136 мача, преди да премине през 2004 г. в отбора на ПФК ЦСКА (София).

Има 4 мача за националния отбор по футбол на България.

В началото на 2006 г. се контузва тежко, като едва в началото на 2007 г. започва да тренира пълноценно.

На 13 август 2007 г. обявява че ще прекрати футболната си кариера. Впоследствие обаче размисля. От началото на септември е даден под наем в Локо (Пловдив). От лятото на 2008 г. преминава във варненския ПФК Спартак (Варна).

През 2010 г. подписва договор с Академик (София) за срок от 2 години, но след като отборът изпада в Западната "Б" ПФГ напуска и се завръща в родния Нефтохимик.

От 2012 г. играе за малтийския Керчем Аякс.
От 2015 г. до 2016 г. играе за новосформирания ФК Черноморец 1919.
От 2020 г. до 2021 г. е помощник-треньор на Септември (Симитли).
От 16 юли 2021 г. до 27 август 2025 г. е администратор в ЦСКА (София).