Петър Костадинов започва кариерата си на футболист в школата на едноименния тим в родния си град и играе на поста дефанзивен полузащитник. В професионалния футбол записва първите си мачове през сезон 1996/1997 г. През 1998 г. играе под наем в Армеец (Сливен), докато отбива задължителната по това време военна служба. След това 4 сезона носи екипа на Черноморец (Бургас), а през 2003 г. е привлечен в Черно море, където играе до края на 2008 г.

С екипа на "моряците" Костадинов има общо 114 мача и 3 гола. През сезон 2003/2004 г. играе с Илиан Илиев, а в последствие става негов помощник треньор.

За първи път двамата са тандем в Интерклуб (Луанда) в Ангола през пролетта на 2014 г. През зимата на 2016 г. се местят в Пловдив, където поемат местния Локомотив. През 2017 г. Костадинов помага на Илиан Илиев във Верея, а от 2018-а е помощник на специалиста в Черно море.