В кариерата си има четири престоя при "армейците", в които записва общо 69 мача с 3 гола в "А" група.

Филипов е юноша на ЦСКА (София). През 1989 г. като войник е преотстъпен в Сливен, където обаче не успява да се наложи. През лятото на 1990 г. е отзован в ЦСКА и е изпратен под наем в Черно море (Варна).

Играл е също и за Локомотив (Горна Оряховица), на два пъти в Южна Корея, Литекс (Ловеч), турския Анталияспор, Славия (София) и Марек Дупница.

През 2007 г. става селекционер на юношеския национален отбор до 17 г., впоследствие е старши-треньор на ПФК Вихрен (Сандански) от ноември 2007 до септември 2009, с известни прекъсвания.
Бил е треньор на ПФК Калиакра (Каварна) в Източната "Б" група, като извежда отбора до първото място, което автоматично ги класира в "А" футболна група. През същия сезон ПФК Калиакра (Каварна) достига 1/2 финал за Купата на България, като последователно отстранява Локомотив Пловдив, ПФК Марек (Дупница), ПФК Черно море (Варна) и отпада след дузпи от ПФК Черноморец (Поморие). Първият сезон в "А" футболна група в историята на ПФК Калиакра (Каварна) започва ударно с победа, като гост на ПФК Славия (София) с 1:0, но след няколко слаби резултата на 6 октомври 2010 г. е уволнен.

През октомври 2011 г. е извикан от Димитър Пенев за помощник-треньор в щаба на ЦСКА (София).

На 27 юли 2021 г. е назначен за изпълнителен директор на ЦСКА (София).