Родителите му са от Албания, преселени в София. От 1914 г. до 1918 г. учи в Софийската семинария, а след това следва богословие в Софийския университет "Свети Климент Охридски". По убеждения тогава е анархо-комунист и за да избегне преследвания, следва в Белград и в Загреб и завършва висше образование в Черновци (дн. в Украйна).

Патриарх Кирил защитава докторат през 1927 г. През 1928-1930 г. специализира философия в Берлин при проф. Адолф Харнак. Замонашава се като студент през 1923 г. От 1926 г. е учител в Духовната семинария в София. През 1936 г. е ръкоположен за Стобийски епископ.

На 10 май 1953 е избран за пръв патриарх на възстановената Българска патриаршия, след като е избран от Третия софийски църковно-народен събор за патриарх и Софийски митрополит.