Тодор Неделев е юноша на частната школа Ботев 2002 и се счита за един от най-големите таланти на школата. През лятото на 2010 г. Ботев 2002 се слива с школата на Ботев (Пловдив) и участва в Елитната юношеска група до 19 г. Там Неделев става голмайстор на Ботев с 28 попадения, макар че играе като атакуващ халф. Отборът финишира на 3-то място на минимална разлика от втория. На 27 юни 2011 г. Неделев заверява професионалния си договор с Ботев пред нотариус и официално става играч на "канарчетата".

Младият талант на ПФК "Ботев Пловдив" Тодор Неделев се трансферира в "Майнц" след началото на 2014 г. за 3 милиона евро.