Емил Гъргоров започва своята кариера в Детско-юношеската школа на Локомотив (София). Подписва първи професионален договор с родния клуб през 1999 г., а през 2002 г. е трансфериран в отбора на ПФК ЦСКА (София).

От юли 2006 г. футболист на френския РК Страсбург.
От декември 2007 до лятото на 2008 г. отново е в ЦСКА под наем.

Шампион на България с ЦСКА през 2003, 2005 и 2008 г.

Награда "Към Върха" на радио Спорт за 2003 г.

Играч на ЦСКА за 2003 г.

Най-добър млад играч - 2 пъти с екипите на Локо (Сф) и ЦСКА.

Има 11 мача и 1 гол за националния отбор на България през периода 2001 - 2005 г. През октомври 2008 е повикан отново в разширения състав на националния отбор по футбол за срещите с Италия и Грузия.

През 2010 г. е в отбора на Университатя (Крайова), през зимата на 2011 г. се завръща в отбора на ЦСКА (София), като дебют отново прави на 5 март 2011 г.

След като през лятото на 2011 г. преминава в Лудогорец.

На 20 октомври 2020 г. слага край на професионалната си кариера като футболист.

В началото на юли 2021 г. се завръща на терена с отбора на Витоша Бистрица.