Данаил Крапчев учи в Битолската българска класическа гимназия. През 1902 г. завършва Солунската българска мъжка гимназия, а през 1906 г. - история в Софийския университет. През същата година започва журналистическата си дейност в седмичното списание "Македоно-одрински преглед", след което става нелегален четник на Вътрешната македоно-одринска революционна организация.

През 1907 г. заедно с Пейо Яворов и Васил Пасков редактират вестник "Илинден" в София.

През 1908 г. редактира последователно вестник "Отечество" и вестник "Родина" в Солун.

В периода 1909-1912 г. издава вестник "Вардар" в София и последователно го преименува на други наши реки и планини, за да преодолее забраната му в Турция.

През 1912 г. Данаил Крапчев е отново четник заедно с Яворов, като преминава в Солун. През същата година редактира вестник "Българин" в Солун.

След Междусъюзническата война е редактор на органа на Демократическата партия "Пряпорец", издаван в София. В периода 1915 - 1918 Данаил Крапчев е военен дописник на вестниците "Военни известия", "Добруджа" и "Пряпорец". През 1919 година създава информационния всекидневник "Зора", един от най-авторитетните и популярни вестници преди Деветосептемврийския преврат в 1944 г., на който е директор до края на живота си.

По същото време е директор-собственик на акционерните дружества "Български печат" и "Преса". Член-учредител е на Македонския научен институт. През 1928 г. е в ръководството на Македонския младежки съюз и като такъв след убийството на Александър Протогеров е за кратко в редакцията на вестник "Македония".

След преврата от 19 май 1934 г. заради демократичните си позиции е въдворен в Карлово.

С публицистиката си Крапчев предизвиква силното неодобрение на Комунистическата партия. Още през 1942 г. се планира неговото убийство. През 1943 г. са направени два опита за убийството му.

На 21 юли 1944 г. срещу него е извършен неуспешен атентат. На 10 септември (веднага след Деветосептемврийския преврат) е убит при неизяснени обстоятелства в Горна Джумая. Първоначално властите прикриват случая, обявявайки, че Крапчев се е самоубил в навечерието на преврата.

През 1945 г. е осъден от т. нар. "Народен съд" на смърт и пълна конфискация на имуществото. През февруари 1994 г. Върховният съд на Република България отменя присъдата.