Александър Малинов е възпитаник на Южнославянския пансион на Тодор Минков в Николаев. Завършва право в Киев през 1891 г.

След идването си в България работи като съдия, прокурор и адвокат в Пловдив.

Активен деец на Демократическата партия, той става неин водач след смъртта на Петко Каравелов през 1903 г. Малинов е начело на правителството на Демократическата партия (1908-1911), при което е обявена независимостта на България и са подготвени измененията в Търновската конституция от 1911 г., увеличаващи дипломатическите правомощия на цар Фердинанд I.

В края на Първата световна война Александър Малинов оглавява две коалиционни правителства (1918), които сключват Солунското примирие и потушават Войнишкото въстание. По време на управлението на Александър Стамболийски е изпратен в затвора (1922), заедно с много други водачи на опозицията. След Деветоюнския преврат е освободен и се включва в новосъздадения Демократически сговор, но през 1924 г. го напуска и преминава в опозиция.

Като водач на Демократическата партия Александър Малинов е сред инициаторите за създаването на коалицията Народен блок, която печели изборите през 1931 г. Той е за кратко министър-председател, но се оттегля и става председател на парламента. В това качество става кръстник на княгиня Мария Луиза. Малинов умира по време на предизборно събрание в София.