Той е част от знаменитото футболно трио в ЦСКА "Емил Костадинов, Любослав Пенев и Христо Стоичков". Един от най-обичаните български футболисти, автор на някои от най-важните голове за златното поколение на националния отбор по футбол през 90-те години на 20-и век. Емил Костадинов е известен най-вече с прозвището си "Екзекутора на петлите". На 17 ноември 1993 година с негов гол секунда преди да изтече редовното време на мача Франция-България Костадинов вкарва втория си гол в мача и резултатът става 2:1 в полза на България, като по този начин той я класира за световното първенство в САЩ през следващата година. На световното първенство Костадинов отново е част от националния отбор.