Баща му Петър Сарафов е възрожденски български учител, а чичо му Коста Сарафов и дядо му архимандрит Харитон Карпузов са водачи на борбата за самостоятелна българска църква в Неврокопско и Сярско, и тримата дейци на Българската екзархия. Негов по-голям брат е българският лекар и офицер Ангел Сарафов, по-малък негов брат е известният български актьор Кръстьо Сарафов, сестра му е председателката на Македонския женски съюз доктор Злата Сарафова, а негов братовчед е полковник Димитър Стойков.

Борис Сарафов учи в местното екзархийско училище, а след това в Солунската българска мъжка гимназия в 1890 г., където участва в революционни кръжоци. Оттам се познава с Гоце Делчев, Даме Груев и Гьорче Петров. През 1890 г. постъпва във Военното училище в София като юнкер, заедно с Димитър Думбалаков, Иван Пожарлиев, Христо Саракинов. С Гоце Делчев и Борис Дрангов създават революционна група свързана с тази на Дамян Груев в Софийския университет.

Борис Петров Сарафов е войвода и ръководител на Върховния македоно-одрински комитет и Вътрешната македоно-одринска революционна организация. Един от противоречивите дейци на Македоно-одринското освободително движение, бохем, екстравагантен и непостоянен във възгледите си.