Евгений Бакърджиев завършва Висшия институт по архитектура и строителство (ВИАС), специалност "Промишлено и гражданско строителство", и до 1991 г. работи като проектант в различни предприятия, достигайки до поста началник на Конструктивен отдел в "Технострой - СП2".

След легализирането на политическата опозиция през 1989 г. става член на БЗНС "Никола Петков", част от коалицията СДС. От 1991 до 1995 година е кметски наместник на район Изгрев към Столична община. През май 1995 г. е избран за ръководител на СДС-София и есента за председател на Столичния общински съвет.

Ръководи Националния щаб на протестите и Националната стачка на Обединените демократични сили (ОДС) за сваляне правителството на Жан Виденов и БСП от власт. Избран е за народен представител в 38-о и 39-о Народно събрание.

При съставянето на правителството на Иван Костов, Евгений Бакърджиев става заместник министър-председател и министър на регионалното развитие и благоустройството. Ръководи преговорите с "Газпром" за доставка и транзит на природен газ. Той инициира и ръководи разрушаването на Мавзолея на Георги Димитров. Разрушаването започва на 21 август 1999 година. Първият взрив е извършен в 14:37 часа. По-късно са извършени още три големи взрива, след което разрушаването продължава с машини.

В края на 1999 г. е освободен от кабинета по предложение на министър-председателя Иван Костов за структурни и персонални промени. През ноември 2001, след двете последователни изборни загуби на СДС през същата година, открито иска оставките на ръководството на СДС. Скоро след това е изключен от СДС и основава нова партия - Български демократичен съюз "Радикали".