Бойко Младенов е състезател на Партизан от 1998 до 2000 г., но не успява да се наложи поради травми в коленете.

През 2001 г. преминава в Левски за 60 000 марки. През лятото на 2003 г. изкарва проби в Сакраменто Кингс по време на лятната лига и подписва негарантиран договор с тима. Въпреки това Младенов така и не изиграва нито един официален мач за "кралете".

От 2004 до 2007 г. играе в Лукойл Академик и става три пъти шампион на България. Следват кратки периоди в кипърския Аполон Лимасол и ЦСКА. През сезон 2008/09 е играч на КК Сплит. През 2009 г. се завръща в Левски и печели Балканската лига. През 2011 г. облича екипа на Академик Благоевград.

Играе за националния отбор на България между 1999 и 2009 г., като участва на Евробаскет през 2005 и 2009 г.