През 2001 г. Делян Пеевски става член на НДСВ, тогавашният министър на транспорта Пламен Петров го назначава за парламентарен секретар и му възлага да оглави борда на "Пристанище Варна" ЕАД - най-голямото пристанище в България, тогава Пеевски е само на 21 години, пост от който по-късно е освободен поради липса на образователен ценз. Според Юрген Рот тогава пристанището се владее от свързваната с организирана престъпност групировка ТИМ. През това време той е студент по право в Югозападния университет "Неофит Рилски". При правителството на Симеон Сакскобургготски майката на Пеевски, Ирена Кръстева, е шеф на Българския спортен тотализатор. От май 2005 г. Пеевски е следовател в стопански отдел на Столичната следствена служба, макар че според закона за тази длъжност се изисква двегодишен стаж. Пет месеца по-късно е назначен за заместник-министър на държавната политика при бедствия и аварии в правителството на Сергей Станишев. Там той наблюдава Държавния резерв. Става и член на междуведомствената комисия, която издава лицензите за търговия с оръжие.