Боян Магдалинчев е завършил СУ "Св. Климент Охридски", специалност "Право".

От 30.01.1979 г. до 30.01.1980 г. е стажант - съдия в Окръжен съд - Благоевград.

От 27.03.1982 г. до 30.03.1983 г. е съдия в Районен съд - Разлог.
От 31.03.1983 г. до 13.10.1993 г. е съдия в Районен съд - Гоце Делчев.
От 13.10.1993 г. - 17.02.1997 г. е заместник-председател на РС - Г. Делчев.
От 17.02.1997 г. до 10.11.2004 г. е съдия във Върховния административен съд.
От 16.12.1998 г. до 16.12.2003 г. е член на ВСС.
От 10.11.2004 г. до 01.12.2010 г. е председател на отделение във ВАС.
От 01.12.2010 г. до 07.12.2012 г. е съдия във Върховния административен съд.
От 07.12.2012 г. до 03.10.2017 г. е заместник-председател на Върховния административен съд.
От 03.10.2017 г. е член на ВСС.