Емил Ангелов започва кариерата си в Граничар (Свиленград). През 2000 г. е привлечен в Черноморец. Заиграва в ПФК Левски (София) през зимната пауза на сезон 2003/04 срещу трансферна сума от 180 000 лева. Играл е и за Граничар (Свиленград).

Бележи и трите гола, с които Левски елиминира Артмедия Петржалка, както и единствения и победен гол срещу Динамо Букурещ в последната минута на мача.

През зимата на 2008 г. преминава в ПФК Литекс (Ловеч). Януари 2009 г. преминава в Турския Денизлипсор. През сезон 2010 - 2011 играе за друг Турски отбор Карабюкспор.

През 2011 г. е част от кипърския ФК Анортосис Фамагуста, като изиграва само два мача за клуба, преди да премине в тима на ПФК Берое (Стара Загора). В Берое той записа 21 мача и 6 гола. След това преминава в турския Коняспор където записа 1 мач. В този мач той се контузва и 8 месеца не играе. Като се възстанови той отново се завръща в Берое. След това решава да носи екипа на ФК Хасково 2009.

Прекратява активна състезателна кариера през 2015 г., след което става помощник треньор на Емил Велев в тима на ФК Хасково 2009.

Сега се занимава с частен бизнес. Според някои спортни сайтове състоянието му се оценява на 1.5 милиона евро.