Тодор Кантарджиев завършва Медицинска Академия София през 1981 г., като лекар.

От 1981 до 1982 г. работи в гр. Белово, от 1982 г. е научен сътрудник в Катедра военна епидемиология и хигиена на ВМА.

От 1988 г. е в НЦЗПБ, последователно е ръководил лабораторен сектор, лаборатория, обединена лаборатория и от 1992 г. - Отдел микробиология.

През 1986 г. придобива специалност Микробиология, през 2001 г. придобива специалност Клинична имунология и през 2004 г. специалност Епидемиология на инфекциозните болести.

Доктор по медицина е от 1991 с дисертация на тема "Имулнологични методи за диагностика на системната кандидоза". Доктор на медицинските науки е от 2008 г. на тема "Проучвания върху етиологичната диагностика и етиотропната терапия на микозите в България".

Доцент е от 1995 г.

През 2004 г. придобива магистърска степен по Здравен мениджмънт в Медицински университет София с дипломна работа "Мениджмънт на клинична микробиологична лаборатория".

Професор е от 2009 г.