Милан Попйорданов е роден през 1877 год. в град Велес, тогава в Османската империя. По-голям брат е на водача на солунските атентатори Йордан Попйорданов - Орце. Първоначално учи в родния си град, а по-късно в Битолската българска гимназия и Цариградската духовна семинария, където заедно с Христо Манчев, Христо Шалдев, Спас Цветков и Петър Делев Каркалашев, създава революционна група и националистическа библиотека, със събрани в нея томове от Христо Ботев, Любен Каравелов и Иван Вазов. Учителства в село Чичево (Горно и Долно), Велешко, Дедино, Радовишко и на други места. Като активен член на ВМОРО се включва в районната чета, която действа в Радовишко. Секретар е на четата на Алексо Поройлията, а от края на 1900 год. я оглавява, след като след оплакване на четниците Гоце Делчев сваля войводата. В началото на март 1901 год. пристига в София при брат си. През септември се завръща във Велес, натъква се на турски патрул и за да не попадне жив в ръцете на турците, се самоубива