Божидар Димитров е роден в семейство на бежанци от Източна Тракия. Той завършва основното си образование в Созопол през 1959 г., а през 1964 г. - Механотехникума в Бургас.

Работи няколко години на риболовни кораби, траулери - като моряк в "Океански риболов - Бургас". По-късно завършва история и археология в Софийския държавен университет, има докторат по история.

През 70-те години на XX в. проучва архивите на Ватикана, където попада на част от "История на България" на Петър Богдан Бакшев, написана през 1667 година - историкът я намира в архива на Борджиите. На 24 декември 1985 г. е утвърден за старши научен сътрудник II степен.

През декември 1994 г. е назначен за директор на Националния исторически музей (НИМ).
През лятото на 1998 г. договорът му в НИМ е прекратен от министъра на културата Емма Москова. През 2001 г. отново е назначен за директор на НИМ, след конкурс и остава на този пост до пенсионирането си в ноември 2017 г.

През периода 1998-2001 г. се препитава като свободен журналист в Бургас и София.